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Calcul scientifique

par Pierre Solbes - publié le , mis à jour le

EDB-Calc

 

Configuration

1 Serveur Maître :

  • Bi-Processeur Intel Xeon E5-2640 (2,50GHz, 6Core, Cache 15Mo, 7,2GT/s QPI, 95W)
  • 16GB RDIMM, 1333 MHz, Low Volt
  • 6x Disque dur 2To Near-Line SAS 6Gbit/s 7200tr/min 3,5" en RAID6 (7To utiles)

6 Nœuds de calcul :

  • Bi-Processeur Intel Xeon E5-2450 (2,10GHz, 8Core, Cache 20Mo, 8GT/s QPI, 95W)
    • 96GB RDIMM, 1333 MHz, Low Volt (Node 1)
    • 32GB RDIMM, 1333 MHz, Low Volt (Node 2 à 5)
  • Bi-Processeur Intel Xeon E5-2670 v3 (2,3GHz, 12Core, Cache 30Mo, 9,6GT/s QPI, 120W)
    • 96GB RDIMM, 2133 Mhz (Node 6)

OS installé : Rocks 6.2 (Distribution Linux basée sur CentOS)
Scheduler : SGE (sun grid engine)
Monitoring des ressources du cluster : Ganglia

Cette infrastructure a été financé par :

  • Laboratoire Evolution et Diversité Biologique (UMR5174)
  • l’Institut écologie et environnement du CNRS (INEE)


De nombreux logiciels sont mis à disposition du laboratoire :

  • Des outils de bio-info : ABySS, MrBayes, FASTA, NCBI BLAST, OBITools, SUMATRA, Phyml, Biopython, Bioperl, ...
  • Des outils de phylogénie : BEAST1 & 2, RAxML, ...
  • Des compilateurs : gcc, fortran, java, c++, mpi, mpicc, mpiCC, mpic++, mpiblast, ...
  • Des librairies : GNU Scientific Linux, libRmath...
  • R et de nombreux packages : MCMCglmm, randomForest, vegan, lattice, plotrix, ENmisc, igraph, fields, sp, maptools, gstat, ade4, ape, permute, seqinr, gmt, phytools, picante, R2OpenBUGS, snow, snowfall, ...


Pour consulter l’aide du cluster et la liste complète des logiciels installés, rendez-vous dans l’intranet du site.